1.分子量区别： 壳寡糖是壳聚糖经特殊的生物酶技术处理得到的一种全新产品，分子量在3000Da以下；壳聚糖是甲壳素部分脱乙酰基的产物，分子量在50－100万。
2.溶解性区别： 壳寡糖分子量较低，能完全溶于水；壳聚糖只能溶解于稀酸溶液中。金壳壳聚糖表示水溶性的增强是影响壳寡糖一些生理活性的重要因素，只有溶于水，才有可能被生物体吸收和利用，表现出生物活性，所以壳寡糖更容易被人体、动物和植物体吸收。
3.功能性区别： 分子量在2000以下的壳寡糖展现出独特的生理活性和功能：提高巨噬细胞的功能；抑制肿瘤细胞的生长和转移；降低胆固醇和血脂；抗菌、抑菌和显著的保湿吸湿能力等。
分子量低于5000的壳寡糖具有阻碍病原菌生长繁殖，促进蛋白质合成，活化植物细胞，从而促进植物快速生长。
壳寡糖的众多功能表明了它是寡糖家族中的另类，壳寡糖是已发现寡糖中唯一呈碱性、带正电荷的寡糖，这个特点也决定了它是唯一可以被肠道吸收进入血液循环的寡糖，而经血液循环到达全身各部位正是其发挥其它众多生物功能的基础。
金壳壳聚糖表示 壳寡糖被肠道吸收的前提是不被消化酶消化，壳寡糖是由氨基葡萄糖以β-1,4-糖苷键连接而成的聚合体，而人类胃肠道中的消化酶主要作用于α-1,4-糖苷键，所以壳寡糖在胃肠道中可以保持结构的完整性。